L'église principale est la première que vous voyez en pénétrant dans le monastère. Elle s'appelle L'Assomption (en bulgare Ouspénié Bogoroditchno) mais souvent on la nomme simplement Sainte Marie. Cette église fut construite ех 1604 sur les ruines de la précédente qui datait de l'époque des frères Pakourianos. Elle abrite l'icône miraculeuse de la Vierge à l'Enfant, datée du l'an 1311.
Autre élément remarquable dans cette église est l'iconostase en bois sculpté qui se place parmi les plus anciens en Bulgarie (daté du début du XVI siècle). Il occupe la place de l'autel. Dans sa partie intérieure il repose sur une cloison murale de travertin. La partie en bois sculpté comprend un registre composé des icônes dites royales, une architrave tripartite (partie de l'entablement qui porte horizontalement sur des colonnes) et deux registres de petites icônes. L'ensemble forme une frise architecturale en relief, couronnée par une croix en bois flanquée par deux médaillons représentant des séraphins dans l'éclat des rayons célestes. La sculpture sur bois représente une vigne avec divers ornements et motifs. Les icônes royales datent de 1793, dessinés par le moine Jacob du mont Atos, les autres datent du XVII siècle.
Les fresques dans le naos furent refaites en 1850 par le peintre Moskhos d'Edirne (Andrinople). Plus précieuses encore sont celles du narthex qui, selon l'inscription des donateurs, datent de l'an 1643. Elles comprennent notamment leurs magnifiques portraits - ceux de Georgi et son fils Constantin, du village Vlassi, de la région de Thessalie (Grèce) (Βλάσι Καρδίτσας, Βλάσι των Αγράφων). Les fresques dans le naos sont illustratives par rapport aux tendances dans les arts monastiques sur les Balkans pendant cette période. Elles présentent des scènes rares de l'Ancien Testament, des scènes du calendrier chrétien et des scènes biographiques des saints.
L'icône miraculeuse
Il s'agit d'une icône de Sainte Marie donnée au monastère de Batchkovo en l'an 1311 par 2 voyageurs géorgiens Athanase et Ignace. C'est le bien le plus précieux du monastère. Elle est placée dans l'église principale, à droite de la grande entrée (ou à gauche de l'entrée latérale). Si vous arrivez un jour de grande fête chrétienne vous verrez une longue file d'attente devant cette porte latérale. Ce sont des gens qui viennent spécialement s'incliner devant l'icône. L'icône, excepté les visages de Sainte Marie et l'Enfant, est entièrement habillée en deux couches en relief, une en or et une en argent. Selon sa légende, elle serait une œuvre du saint apôtre et évangéliste Luca.
Légende
Selon une légende l'icône se serait transportée par les cieux d'un monastère géorgien, qu'elle aurait quittée pour ne pas avoir été respectée. Elle serait atterri dans un lieu-dit à proximité du monastère et un feu aurait jailli lorsqu'elle toucha terre. Deux bergers, frère et sœur, regardèrent trois nuits durant les flammes qui ne faiblissaient pas, ils sont alors allés voir quel fut ce feux étrange. C'est ainsi que l'icône annonça son arrivée. Les bergers rapportèrent ce qu'ils avaient vu aux moines du monastère qui la transposèrent dans l'église au cours d'une marche liturgique. A leur grande surprise le lendemain l'endroit où ils la placèrent était vide. L'icône s'était retrouvée dans le lieu où elle fut initialement trouvée. Les moines la transposèrent à nouveau dans l'église mais le lendemain et les jours suivants elle disparaissait à nouveau et fut toujours retrouvée au même endroit.
L'un des moines raconta à ses frères qu'il fit un rêve dans lequel Sainte Marie lui dit qu'elle resterait dans l'église à condition qu'une place spéciale lui soit attribuée, à droite de l'entrée du temple, afin qu'elle voit le cœur de celui qu'y rentre. Elle lui dit aussi que chaque année, au second jour de Pâques il fallait l'amener à l'endroit où elle fut trouvée.
Ainsi ils firent. Ils placèrent l'icône sur un trône en bois sculpté à droite de l'entrée principale où elle se trouve toujours aujourd'hui. Et chaque année, au second jour de Pâques, les moines organisent une procession et portent l'icône jusqu'au lieu de sa légende où ils font une liturgie.
A l'endroit où l'icône toucha terre pour la première fois jaillit une source à l'eau miraculeuse. Dans le pan rocheux voisin fut taillée une copie de l'icône. Un escalier étroit mène vers elle. Une veilleuse brûle sans jamais s'éteindre devant l'icône. A proximité est érigée une chapelle nommée au Saint Archange (le berger qui la vit pour la première fois s'appelait Angel).
La version plus terre-à-terre veut qu'après les saccages et la destruction partielle du monastère au XV siècle, un moine réussit à soustraire l'icône aux brigands et à la cacher dans les environs. Bien plus tard, alors que tout le monde croyait que l'icône avait brûlé dans les flammes un berger vit des éclats vifs au loin - c'étaient les rayons du soleil qui se reflétaient dans l'habillage argenté de l'icône. Le jour où elle fut découverte serait le lundi de Pâques (qui donne aujourd'hui lieu à la procession spéciale).