Situé en zone transfrontalière, Balgari a évolué dans l'histoire sous une variété de noms. Le dénomination actuelle a été adoptée en 1934. Auparavant le village s'appelait Voulgari / Vourgari (Bulgares en grec). Sur des cartes géographiques anglaises et russes du début du XIX siècle il se présente sous le nom de Bouléri.
La première note écrite concernant Balgari nous vient des registres ottomans de l'an 1454 -juste une année après la chute définitive de Constantinople sous les assauts des Ottomans, menés par Mehmed II.
Il n'y a pas d'autres sources quant à l'évolution et l'histoire du village pendant la période du Moyen-âge, excepté une mention fiscale dans les registres de la commune d'Anhialo (actuelle Pomorié).
Néanmoins de nombreux vestiges aux alentours attestent d'une vie humaine depuis l'Antiquité. Au nord du village, dans le lieu dit Gradichtéto, se trouvent des vestiges d'une fortification thrace, transformée plus tard en forteresse byzantine. La construction était établie sur un promontoire surplombant les versants abruptes qui descendent vers la rivière Karaagatch. La fortification avait une superficie de 11 décamètres (1 ha).
Des tumulus thraces ont été répertoriés dans le lieu-dit Tzarkvichtéto, sur le chemin de la réserve naturelle Silkossia et dans le lieu-dits Etchmité (à l'est du village) et Byalata prast (3.5km au sud-ouest). Le plus grand tumulus, d'un diamètre de 35m, se trouve dans le lieu-dit Choumyaka, au sud du village.
Des traces d'une activité sidérurgique ont été découvertes au nord-ouest de Balgari, dans les lieu-dits Roupité et Skouriité.
Les habitants de Balgari prirent part dans les insurrections de la Grèce contre l'empire ottoman en 1821. A la suite de la guerre russo-turque de 1828-29 un grand nombre des villageois émigra vers la Russie et la plupart revinrent après deux ans d'exile. A l'issue d'une autre guerre entre la Russie et les Ottomabs, en 1878, qui mena à la libération de la Bulgarie, le village de Balgari resta en dehors des nouvelles frontières. Sa population émigra alors vers Primorsko afin d'échapper aux représailles.
Pendant l'insurrection d'Ilinden de 1903, à laquelle participèrent de nombreux villages de Strandja, Balgari fit l'objet de saccages. Ses 120 maisons furent pillées et la moitié incendiées. Le village intégra la Bulgarie pendant la guerre Balkanique en 1913. IL se trouvait alors sur la ligne de la vaste offensive entreprise par l'armée bulgare en direction d'Edirné.
Après 1913 Balgari devint le centre d'une municipalité et administrait les villages de Lissovo (actuel Izgrev), Marzevo (actuel Kondolovo), le disparu Pripor et un certain nombre de hameaux aux alentours.
Balgari n'a pas connu d'évolutions démographiques importantes. Sa population oscilla entre 600-500 personnes au début du XX siècle pour atteindre moins de 200 personnes aujourd'hui.
