Contrairement à d'autres grands monastères il n'existe pas de sources historiques sur les origines du monastère de Rojen. Pour la première fois sont nom est mentionné dans une note sur un manuscrit grec du XIII siècle. A cette époque la région de Melnik est un despotat (un territoire dirigé par un despote (féodal), à la fin du Moyen Âge), gouverné par Alexi Slave, neveu du roi bulgare Kaloyan (1197-1207). Des informations non-confirmées font référence à des notes monastiques du mont Athos, mentionnant la fondation du monastère de Rojen en l'an 890. Les archives du monastère ont totalement disparu dans la grande incendie de la fin du XVII siècle.
Lors de fouilles archéologiques sur place des monnaies byzantines du règne de Michel VIII Paléologue ont été trouvées. Le village proche de Rojen doit son appellation au monastère, plus précisément à une homonymie avec le nom de son église dédiée à la Nativité de Marie.
Pendant la période de la conquête ottomane (XIII-XIV siècle) le monastère fut incendié, puis reconstruit. A nouveau son nom apparaît dans un manuscrit de 1551, œuvre du moine intendant Cosma. A cette période le monastère souffre d'une délabrement notable, ce qui amène à une reconstruction importante avant la fin du XVI siècle. L'église, le réfectoire et une partie de l'aile d'habitation qu'on voit aujourd'hui datent de cette période.
Dans la première moitié du XVIII siècle le monastère de Rojen fait l'objet d'une nouvelle rénovation. Elle marqua l'achèvement des travaux sur l'aménagement intérieur de l'église, en l'an 1732. Peu après, en 1761, sous prétexte qu'il souffrait d'une mauvaise situation financière, il fut transformé en monastère de sœurs, annexé au monastère géorgien d'Iviron, du mont Athos. Des moines intendants d'Iviron prirent le relais dans les gestion des affaires monastiques.
L'influence du monastère grandit et atteint son apogée au XIX siècle, période du Renouveau bulgare. Il devient un centre spirituel régional important et augmente considérablement ses possessions de terres dans les environs.
Pendant toute la période de la domination ottomane (1396 - 1878) le monastère de Rojen est sous influence du clergé grec. En effet, lors de la prise de Constantinople et l'établissement de l'empire sur la péninsule, le clergé grec a persuadé le sultan qu'il représentait l'ensemble du monde orthodoxe (alors que l'Eglise bulgare était séparée de l'Eglise byzantine). Ainsi les institutions chrétiennes bulgares se sont retrouvés soumises à la patriarchie grecque, ce qui causa par la suite de tensions séculaires (dont la fin advint en 1873 avec le retour de l'indépendance de l'Eglise bulgare).
En 1878, à la fin de la guerre russo-turque, cette partie de la Bulgarie ne faisait pas parties des terres libérés. Elle le fut en 1912, à l'issue de la Guerre Balkanique que la Bulgarie mena de front avec la Turquie. En 1912, le monastère de Rojen redevint bulgare. Ce que le clergé grec contesta. Une procédure sur la propriété du monastère fut déclenchée auprès du tribunal arbitraire de la Hague, qui statua au profit de la Bulgarie en 1921.
A la fin du XIX et au début du XX siècle le monastère servit de refuge aux révolutionnaires bulgares de la Macédoine. L'un des plus illustres parmi eux - Yané Sandanski (la ville de Sandanski est nommée en son honneur) repose dans une tombe près du monastère.